Fundado em 15 de dezembro de 2015, o Museu de Congonhas tem o objetivo de explorar o Santuário do Bom Jesus de Matozinhos. Se caracteriza como um museu de sítio histórico por se inserir no mesmo espaço do Santuário, permitindo ao visitante uma experiência mais profunda no que diz respeito ao Santuário, desde a sua origem com a promessa de Feliciano Mendes, passando pela sua construção e os artistas que participaram dessa empreitada, até as questões de patrimônio e preservação que são discutidos hoje. O Museu, instalado em um edifício de 3.452,30 m², construído a partir de um projeto do arquiteto Gustavo Penna, vencedor de concurso nacional, contempla em três pavimentos salas de exposições, reserva técnica, biblioteca, auditório, ateliê, espaço educativo, cafeteria, anfiteatro ao ar livre e áreas administrativas. Esses espaços estão abertos ao público, tanto moradores da cidade como visitantes não-locais, sendo um local de manifestações artísticas (exposições e shows de diversos artistas), estudos, pesquisas acadêmicas (contando com o acervo da biblioteca do museu, onde se encontram livros especializados na temática do Santuário), educação patrimonial (com o trabalho do setor educativo e as mediações) e lazer.