A construção foi iniciada pelo Patriarca João Francisco Junqueira por volta de 1785, no mesmo local onde havia sido construída uma pequena capela na ocasião do episódio que deu origem ao nome da cidade, seu filho Gabriel Francisco Junqueira concluiu a edificação. Por fora carrega o estilo barroco mineiro. Seu interior é ornamentado em estilo rococó e popular, com temas evangélicos, apostólicos, querubins e serafins, motivos angelicais. O destaque vai para a pintura do artista Joaquim José da Natividade, na nave central, a qual retrata Jesus Cristo cercado por apóstolos. Ao lado está a Toca das Letras ou “Gruta São Thomé”. Até meados da década de 90 estava sob poder da Cúria Diocesana de Campanha. Já naquela época da construção da Igreja Matriz, São Thomé já era considerado como um lugar exótico, sujo aspecto causava – e ainda causa – admiração ao visitante, que tem a impressão de chegar a uma terra estranha. Após o término da construção da Igreja Matriz a atenção ficou voltada para a construção de casarões geminados em frente e de ambos os lados formando uma espécie de “fortificação”.